Atualmente estima-se que existam cerca de 1,5 milhões de espécies de fungos, sendo conhecidas pelos micologistas somente cerca de 69.000 espécies. Infelizmente, devido à ação predatória do meio ambiente várias dessas espécies estão sendo extintas antes mesmo de serem conhecidas, causando prejuízo imensurável para o equilíbrio ecológico, além de não se obter conhecimento do potencial biotecnológico dessas espécies. Foram agrupados em um reino a parte conhecido como Reino Fungi por apresentarem características peculiares que os diferem tanto de animais como de vegetais, além do grande número de espécies encontradas por todo o planeta.
Os fungos utilizam uma variedade de substratos como fontes de carbono, entretanto, alguns grupos se especializaram em degradar substratos particulares, tornando-se mais competitivos quanto a outros microrganismos. Por essa razão os fungos são encontrados em praticamente todos os ambientes no planeta.
Apesar de estarem presentes na natureza em maior número que os animais, na maioria das vezes são observados somente quando espécies terrestres produzem bonitos cogumelos ou orelhas de pau. Porém, não se percebe a importante ação desses organismos na manutenção e ciclagem de nutrientes na natureza.
Percebemos como os fungos são importantes para manutenção da vida no planeta se considerarmos que em uma floresta, por exemplo, ocorre grande deposição de material vegetal como troncos, galhos e folhas. A lignina, celulose e hemicelulose são moléculas persistentes na natureza e estão presentes no tecido dos vegetais. Sem a atuação dos fungos não seria possível a reciclagem desse material. Isso porque a lignina, um dos constituintes da parede celular dos vegetais, apresenta considerável resistência no meio ambiente. Os fungos basidiomicetos lignocelulolíticos, ao que parece, são os únicos organismos que possuem enzimas capazes de desestabilizar as moléculas de lignina e assim, reciclar essa matéria orgânica disponibilizando os produtos da degradação para ação de outros microrganismos e o crescimento de plantas e eventualmente de animais. Portanto, as atividades dos fungos na natureza são tão necessárias para a continuidade da existência do planeta, quanto são aquelas desempenhadas pelos organismos produtores.
Muitos fungos também estabelecem relações simbióticas com outros organismos. Por exemplo, os liquens são associações simbióticas mutualísticas entre fungos (principalmente ascomicetos e basidiomicetos) e algas verdes também chamadas de cianobactérias. As algas fornecem aos fungos compostos carbônicos ricos em energia, enquanto os fungos fornecem às algas nutrientes minerais provenientes do ambiente, além de proteção às variações inóspitas do ambiente. Essa relação entre esses dois simbiontes atribui aos liquens a capacidade de viverem em diversos ambientes.
Outra importante associação simbiótica entre fungos e raízes de grande parte das plantas superiores são as “micorrizas”, nessa associação os fungos disponibilizam elementos essenciais para o desenvolvimento das plantas, como o fósforo, zinco, manganês e cobre. Em compensação, os fungos micorrízicos são providos de carboidratos oriundos das plantas que coloniza.